电子工程系是东南大学成贤学院最早成立的系科之一，设有自动化、电子科学和技术专业、电子信息工程三个专业，东南大学相关学科专家担任专业负责人，部分教授参加现场教学，全面指导大学生人才培养及师资力量建设，现有在校学生1100余人。
自动化专业
该专业依托东南大学自动化及机器人工程专业资源，围绕国家战略需求和学生个人兴趣发展培养智能信息处理与自动化技术方面的综合创新人才。专业以自动控制理论为基础，计算机硬软件与通信技术相结合为应用特色，通过电子信息技术、电力电子技术、传感器与自动检测技术、计算机系统与接口技术、网络与通信技术、人工智能与机器人、系统工程等核心课程构建覆盖智能感知、决策与控制、智能驱动执行、人机交互、数字通信等环节的理论和实践教学体系；专业配有电工电子、自动化与智能机器人等专业实验室，结合组织在电子信息与电气等领域的课外研学与计算机算法、电子设计、智能车、机器人等竞赛活动实践学习，形成具有较宽知识面和一定创新能力的高素质应用型人才的科学培养。
自动化专业毕业生具有扎实的自动化与智能化系统理论与工程设计应用能力、计算机软硬件与电气电子系统实践动手能力和一定的信息技术领域创新创业能力，可在计算机嵌入式系统与网络通信领域胜任系统、软件、算法应用及研发工程师等职业岗位，也可在综合自动化与智能机器人领域担任系统设计与集成应用工程师，如软件开发、电子与自动化设备、汽车等智能制造企业及电力、地铁、铁路等运行企业和行业。近年来。自动化专业毕业生除部分在国内外高校继续深造攻读研究生学位和在中小规模企业从事计算机硬软件技术开发工作外，主要就业单位有国电南瑞、国电南自、中国南车、上汽名爵、南京地铁、菲尼克斯电气、OITS电梯等规模企业及少量事业单位。
电子科学与技术专业
该专业充分依托东南大学电子科学与工程学院微电子专业、集成电路学院集成电路专业的办学优势，重点面向当前社会就业热点，培养社会紧缺的应用型技术人才。特别针对长三角地区的需求，为嵌入式系统、信息电子、集成电路等人才缺口较大的领域培养优秀人才。本专业毕业生以扎实的理论功底和较强的实践动手能力，无论是直接就业和继续考研深造，都得到用人单位和高校的高度评价。
该专业利用母体东南大学在无锡地区的办学优势，借助无锡地区的微电子产业优势，立足基础理论和基本技能的教学，开展3+1联合培养，学生第四年可以选择到东南大学无锡分校学习和完成毕业设计。
该专业毕业生凭借扎实的专业知识应用能力，在微电子、通信、物联网、通讯设备等应用电子技术领域从事电子设计工程师工作，该专业毕业生近年来就业单位有台湾创意电子GUC、台湾晶门科技、韩国LG液晶、韩国喜星电子、中国南车、南京地铁、嘉环通信、中兴科技、中电熊猫及中国电子科技集团第五十五研究所等。
电子信息工程专业
该专业依托东南大学的强势学科—信息科学与工程学院的专业优势和办学资源，以信息与通信技术、电子技术、计算机技术为基础，培养具有扎实的专业理论基础、掌握多种现代通信和信息系统监测、控制、管理和处理等技术，工程应用能力过硬，能够独立从事电子信息系统和设备的设计与开发能力的高素质应用型人才。
该专业就业主要面向各类大中型电信企业、铁道及航运通讯信号处理、智能手机及移动终端产业等从事电子与通讯设计工程师工作。该专业毕业生近年来就业单位有中国移动、中国联通、中国电信、中兴通讯、熊猫电子、南京地铁、小米手机、嘉环通信、国电南瑞、中科芯及中国电子科技集团第十四研究所等。