计算机工程系成立于2003年，是东南大学成贤学院最早成立的系科之一，设有计算机科学与技术、软件工程两个专业，东南大学相关学科专家担任专业负责人，部分教授参加现场教学，全面指导大学生人才培养及师资力量建设，根据社会需求及时调整每年的招生专业方向,目前在校生人数近1200人。
该系依托东南大学的办学力量，在专业设置与定位、培养方案、师资队伍、培养模式、课程体系、基础条件以及教学管理等方面进行了不断探索、改革和系统化的建设，取得了明显成效。计算机科学与技术专业2010年被列为学院特色专业，2011年被列为江苏省培养服务外包人才首批试点单位，2019年被评为江苏省高校一流本科专业，2023年被江苏省教育厅评为“江苏省产教融合型品牌专业”。
该系注重应用型人才的培养，与国内多家企业合作共建实习实训基地，积极组织学生参加全国大学生英语竞赛、江苏省高等数学竞赛和全国大学生程序设计大赛，培养了学生的实践能力和创新意识。
近年来该系毕业生受到社会的广泛评好，供不应求，就业率高达99%以上。就业去向为在国内外著名的IT公司、（含服务外包企业）、各类制造业和服务业、事业单位、政府行政管理部门、学校、科研等部门从事计算机软件、硬件系统以及计算机综合应用系统的规划、设计、开发、测试、项目管理及研究等工作。同时，每年有一定数量的学生考取国内外知名院校硕士研究生。
计算机科学与技术专业
该专业依托东南大学ESI世界前1‰的计算机优势学科，是“江苏省地方高校计算机学院服务外包人才试点高校”项目支持建设专业，是东南大学成贤学院特色专业建设点。该专业通过建设云环境的实景式的实验实践环境，以项目实践的方式实现改革本专业的教学内容与教学方法，培养适应国家现代化建设需要，德智体美全面发展，掌握自然科学和人文社科的基础知识，系统地掌握计算机科学与技术以及计算机应用的基本理论、基本技能与基本方法，具有全面的素质修养，具有较强的工程实践能力、创新创业能力和团队协作能力，具有不断获取新知识和良好的外语运用能力，能适应技术进步和社会需求变化的应用型高级工程技术人才。侧重于面向国民经济信息化对计算机专业人才的需求，培养能从事各类计算机应用系统（含软硬件）的规划、设计、实施以及系统的运行、维护和管理等工作的高级技术人才。
本专业毕业生就业前景宽阔，毕业后可进入政府行政管理部门、事业单位、IT公司、金融与证券行业、电力系统、学校和科研机构等部门，从事计算机应用的研究和开发、软件系统集成、计算机管理和应用系统维护、嵌入式软件开发等工作。
软件工程专业
该专业依托东南大学ESI世界前1‰的计算机优势学科，是“江苏省地方高校计算机学院服务外包人才试点高校”项目支持建设专业，是东南大学成贤学院特色专业建设点。该专业通过建设云环境的实景式的实验实践环境，以项目实践的方式实现改革本专业的教学内容与教学方法，培养适应国家软件行业发展需要，德、智、体、美全面发展，掌握自然科学和人文社科的基础知识，系统地掌握软件工程以及计算机应用的基本理论、基本技能与基本方法，具有全面的素质修养，具有较强的工程实践能力、创新创业能力和团队协作能力，具有不断获取新知识和良好的外语运用能力，能适应技术进步和社会需求变化的应用型高级工程技术人才。侧重于培养能从事计算机应用系统软件、中间件、应用软件的设计、测试、研制和开发的软件工程师。
本专业毕业生就业前景宽阔，毕业后可进入政府行政管理部门、事业单位、IT公司、金融与证券行业、电力系统、学校和科研机构等部门，从事计算机应用软件的研究和开发工作、软件测试工作以及软件项目的分析、设计、编码和管理等工作。近年来就业去向有英特尔、富士通、长城电脑、宏图三胞、苏宁电器、苏宁易购、中国制造网、金智软件、凌志软件、银行、地铁等。